不同环境下的吉林工程板，形成水斑的原因也各不相同。要完全清除水斑是非常困难的，主要还是靠提前预防。如果水斑已经形成，结合情况加以清除治理，主要有着几个办法。
物理烘烤法：主要利用太阳灯或喷火器等高温高热的作用析出石材中的水分，再用石材养护剂进行妨水处理。这种办法只处理了石材的表面水分，过一阵又会从石材底部及四周吸收水分，重新形成水斑。所以并不实用。
化学清洗法主要是用石材水斑清除剂对工程板材进行清洗，清除或破坏石材中形成水斑的碱或碱-硅酸凝胶体，使其失去吸潮能力，从而达到治理水斑的效果。也可以将化学清洗和屋里烘烤两种方法相结合，效果相对明显。
增艳调色法：就是用增色的方法将有水斑病变的石材颜色较浅的部分石材加深，使整块石材的颜色相同或接近，从而达到美观的装饰效果。增艳调色法又分为防护增艳调色法和普通增艳调色法，防护增艳调色法在调整石材颜色的同时，也对石材起到一定的防护作用，普通增艳调色法只能调整石材的颜色，而没有防护作用。